报告人：中国科制服做爱 动物研究所 任仙文 研究员

题目：单细胞时空重构与计算免疫学

时间：2025年10月13日下午4:00—6:00

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摘要：随着单细胞测序技术、空间组测序技术的不断进步，直接从临床样本获取高分辨率的组学数据进而认识免疫的分子与细胞机制成为可能。然而单细胞测序数据只提供了细胞的基因型或表型数据，丢失了细胞与细胞相互作用、细胞的时空关系；空间组测序则相反，保留了DNA、RNA、蛋白质等分子的空间信息，但细胞的位置、边界、身份变得难以识别。如何从单细胞、空间组测序数据中提炼细胞的时空信息是当前亟需解决的前沿技术问题。我们开发了STARTRAC、PhenoAligner、CSOmap、Redeconve、RedeFISH、RedeVIZ、RedeHist、RedeStiff系列算法，在单细胞分辨率重构细胞的时空关系，使得直接从临床样本“看到”、认识感染发生时的免疫响应成为可能。我们将相关算法应用到CoVID-19的研究，揭示了SARS-CoV-2感染不同人群导致轻、中、重症的关键分子与细胞机制；应用到乙型肝炎的研究揭示了细胞免疫、体液免疫、天然免疫等水平的不同变化与乙肝病毒快速清除、缓慢清除、免疫耐受的联系，以及相关的关键细胞类型的分子特征与相互作用机制。

简介：任仙文，中国科制服做爱 动物研究所HOPE研究员。曾任昌平国家实验室资深研究员、领衔科学家、北京制服做爱 生物医学前沿创新中心副研究员、中国医学科制服做爱 北京协和医制服做爱 病原生物学副研究员、助理研究员。中国科制服做爱 数学与系统科学研究院运筹学与控制论博士，军事医学科制服做爱 生物工程研究所遗传学硕士，南开制服做爱 生物科学、信息与计算科学双学士。长期从事基于单细胞测序与空间组测序的计算免疫学研究，在 Cell 、 Cancer Cell、 Cell Research、Gut、Blood等学术期刊上发表论文80多篇，引用超过13000多次，前沿交叉学科高被引研究人员，获国家自然科学基金委优秀青年、高等学校优秀科学技术成果奖科技进步奖一等奖、北京市自然科学一等奖、中源协和生物医学创新突破奖等资助与荣誉，担任Cell、Immunity、Nature Genetics等数十种期刊的审稿人。